玄箱等でDebianを使い始めたばかりの方へ、解説のつもりです。
細かな表現のミス等ありそうですが、ご愛嬌ということで。
注意ですが、コマンドラインの一番左が”$”の場合は一般ユーザー権限での実行、”#”の場合はroot権限での実行です。
【ログイン関連】
以下の全ては、SSH等で一般ユーザーでログイン後の話。
rootになる（コマンド実行後にrootのパスワードを入力）
$ su
尚、”su”はSuperUserの略ではなくSelect Userの略だそうです。
他のユーザーになる（$からでも#からでも実行可能：NAMEは対象ユーザー名）
$ su NAME
もしくは
# su NAME
前のユーザーに戻る（$からでも#からでも実行可能：suコマンドを実行後に戻りたい場合）
$ exit
もしくは
# exit
ログアウト（exitコマンドでも可能だったりしますが）
$ logout
【システム停止関連】
必ず、root権限で実行すること。
システム停止（遠隔地から実行する場合、誰がどうやって電源ボタンを次回押すのか考えてから！）
# halt
システム再起動
# reboot
【パッケージ管理関連】
Debian独自の強力なパッケージ管理コマンド類です。必ず、root権限で実行すること。
パッケージリストの更新
# apt-get update
パッケージの更新（パッケージリストの更新後に実行すること）
# apt-get upgrade
パッケージのインストール（NAME部分は対象のパッケージ名）
# apt-get install NAME
インストールされたパッケージの設定類を含めた削除（NAME部分は対象のパッケージ名）
# apt-get remove –purge NAME
既にインストールされているパッケージの一覧表示
# dpkg -l |more
未知のパッケージを調べたい（NAME部分は対象のパッケージ名：NAMEは正式名称の一部分でも構いません）
# apt-cache search NAME
インストールされたパッケージのインストーラー関連の削除（インストーラーは削除されてもインストールされたパッケージはちゃんと残ります：意味が違うかもしれませんが：パッケージの削除と言ってしまうと、インストールされたものまで削除されそうな誤解がありそうなので）
# apt-get clean
# apt–get autoclean
【ファイル管理関連】
ほとんどのコマンドは一般ユーザーからでも実行可能ですが、閲覧権限等が自分のアカウントに無い場合、実行できない部類もあります。
また、パスを指定したり、コマンドオプションにより、応用はいくらでもあります。
ディレクトリの移動（基本的に$からでも#からでも実行可能：NAMEは対象ディレクトリ名）
$ cd /NAME1/NAME2/NAME3
ファイルの一覧表示（$からでも#からでも実行可能：現在居るディレクトリ上でのコマンド）
$ ls
ファイルの詳細一覧表示（$からでも#からでも実行可能：現在居るディレクトリ上でのコマンド）
$ ls -al
対象ディレクトリ上のファイルの一覧表示（$からでも#からでも実行可能：NAMEは対象ディレクトリ名）
$ ls -al /NAME1/NAME2/NAME3
対象ファイルの削除（基本的に$からでも#からでも実行可能：NAMEは対象ファイル名）
$ rm NAME
対象ディレクトリの削除（基本的に$からでも#からでも実行可能：NAMEは対象ディレクトリ名）
$ rm -r NAME
対象ファイルのコピー（基本的に$からでも#からでも実行可能：NAME1はコピー元のファイル名、NAME2はコピー先のファイル名）
$ cp NAME1 NAME2
対象ファイルの移動（基本的に$からでも#からでも実行可能：NAME1は移動元のファイル名、NAME2以降は移動先のディレクトリ名）
$ mv NAME1 /NAME2/NAME3/NAME4
ファイル名の変更（基本的にmvコマンドと同じ：NAME1は元のファイル名、NAME2は新しいファイル名）
$ mv NAME1 NAME2
対象テキストファイルの中身を表示（基本的に$からでも#からでも実行可能：現在居るディレクトリ上でのコマンド：対象がバイナリファイルの場合、途中で固まる危険あり）
# cat NAME
【ユーザー管理関連】
root権限でのみ実行可能です。
ユーザー追加（NAMEは追加するユーザー名）
# adduser NAME
ユーザーを設定やデータ丸ごと削除（NAMEは削除するユーザー名）
# userdel -r NAME
【メールアカウント管理関連】
以下のコマンドは、SUKIYAKIが構築したqmail環境でのみ実行可能です。
また、メールアカウントを追加したいユーザーのログイン状態で必ず実行してください。rootで実行しても機能しません。（特に注意！）
対象ユーザーのメールアカウントを追加
$ mkmail
【困った場面関連】
コンソール画面が突然固まる場合、キー入力を受け付けない場面は以下の手順で。
これは、rootでも一般ユーザーでも同じです。
まず最初にしばらく放置。（30秒ほど）
それでもダメなら
“ctrl”キーと”c”キーを同時に押してみる。
それでもダメなら
SSHの画面を強制終了。
気付く範囲で、とりあえず上記は最低限必要なコマンド類です。
追記：2018/05/07
こちらの記事へのアクセスが以前から多い様子です。普段利用頻度の高いコマンド類をまとめたものになります。
自分の場合はMS-DOSからコンピューターに触れてきたので、基本的に取っつき易かったですが、現代の若者には謎めいているかも知れません。
しかし、サーバーの環境によってはGUIよりコマンドライン系の方が適している場合も相変わらず多い様子です。
また、root権限からの各種コマンドは危険度も非常に上がりますので、特にコピーや削除系のコマンド実行は十分に注意が必要です。
個人的にはsudo系での実行が面倒臭く、頭からrootでした。解説本の多くはsudo系を推奨している様子ですけれど。
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