Raspberry Piにmpdを入れ、どうにか音が出るようにはなったのですが、音切れが気になり。
その辺の対策を色々施してみたところ、現時点で音飛びはほぼ無くなりました。
【ハード上の対策】
・通常使用時に余計なデバイスは接続しない（キーボードやマウス等、ssh経由では不要ですし）
・メディアはOS混在のSDカードのみ使用（最初からそうしていたので、比較しておりませんが）
自分は試していませんが、ネット上の情報を確認した限り、LAN経由でのデータのやり取りとUSB経由でのデータのやり取りが同時ですと、コケやすい傾向にあるそうです。
現状、本体に繋がるのはSDカードと電源、イーサーネット、USB接続のDACのみです。
【ソフト上の対策】
・GUI環境は使わない
・余計なサービスは停めてしまう（上記の写真の通り）
cronやsyslog等、バックグラウンドで同時処理されてしまうサービス類は停めてしまいました。ある程度の安定動作が確認出来ましたら、syslogの出力も不要ですし。
cronの中身は時刻合わせ等、停めてしまっても大きな問題は無さそうでした。
スワップファイルのサービスも停めてしまったのですが、これは大きなファイルの転送時に問題あるかもしれません。
途中、イーサーネットのケーブルも抜いたりしてみましたが、それでも音飛びは回避出来ませんでした。
上記の対策後も、OSのリブート直後や音楽を再生し始めて10分くらいは音飛びがありましたけれど、その後はほぼ問題無かったです。（完治したワケではないですが）
おかしな表現になりますが、エージング的な「しばらく放置」が一番効果あった感です。
カーネルの再構築まで踏み込むと、もっと効果あるかもしれません。しかし、何度もやり直しが必要でしょうし、とにかく時間がかかるので。
追記：2012/12/01
同年9月頃のOS（カーネル?）バージョンアップ後辺りに、音飛びの問題はほぼ無くなりました。
MPDサーバーとして、問題無く稼働中です。
コメント
昨日MPDサーバーの構築終わりましたが、24bit96KHzのハイレゾファイルの再生で180Hzくらいの周期でブツブツが再生音にまじります。最初はCPUの処理が追いつかないのかと思っていまして、オーバークロックの設定でどうなるのかと1000MHZにクロックアップの設定をして再生しながらクロック周波数を表示させると700MHzでした。
と言うことはそれ程CPUに負荷がかかっておらずクロックアップしていないということですね。
皆さんのご様子が聞きたくて書き込みました。 どうでしょうか？
hiroさんへ
明けまして、おめでとうございます。
RP(Raspberry Pi)とMPDの組み合わせで、ハイレゾは試していないもので、すみません。
以前にネットブックで試したのですが、そもそも自分がハイレゾ音源を持っていないのと、オーバーサンプリングを試みても、思うような結果が得られなかった感で。
音に違いを感じたものの、どちらも悪く無いなぁで。（流石にロスレス音源だけは拘っています）
問題のノイズが、RPのアナログ出力経由なのか、USB=>DAC経由なのか、謎です。
アナログ出力については、しばらく前のファームウエアの更新で、バグが直ったとか読んでいます。
年内に、ハイレゾも試してみたいくらいの、ゆるい勢いで、すみません。